Il existe deux types de contrôle : le contrôle sur plainte et le contrôle sur rapport.

Contrôle sur plainte

Ce contrôle résulte du Pacte international relatif aux droits civils et politiques de 1966 qui a créé le Comité des droits de l'homme. Composé de dix-huit membres indépendants des États et élus pour quatre ans, le Comité peut effectuer deux types de communication :

• communication individuelle : les particuliers peuvent adresser une communication au Comité s'ils ont un intérêt à agir, si le requérant est la victime et s'il a épuisé toutes les voies de droit et s'il ne cumule pas les recours. Le Comité examine alors la communication avant d'adresser des constatations à l’État concerné et aux particuliers ; il peut alors proposer des mesures individuelles (ex: libération de prison), évoquer la nécessité d'une nouvelle législation, etc. Les constations ne sont pas juridiquement obligatoires mais lient les États. Pour assurer le suivi des constations, un rapporteur spécial chargé du suivi des constations a été instauré en 1990.
• communication étatique : elle émane d’États parties, qui agissent contre d'autres États. Cela donne lieu à une phase de conciliation et une commission de conciliation ad hoc pourra être désignée. En pratique, ces communications sont peu utilisées car les États ne veulent pas se dénoncer les uns les autres.

Contrôle sur rapport

Ce contrôle permet de demander aux États de fournir des rapports sur le respect de leurs engagements internationaux ; il résulte de plusieurs conventions (PIDCP, Convention contre la torture...).

De ces contrôles découlent deux types de contrôles :

• contrôle administratif : ce contrôle est effectué par un organe indépendant, qui vérifie les rapports d'informations fournis pour les Etats. Ainsi par exemple, l'article 40 du Pacte de 1966 prévoir que le contrôle est effectué par le Comité des droits de l'homme, qui pourra engager le dialogue, voire rendre des observations non contraignantes (il n'a pas de pouvoir de recommandation).
• contrôle politique : ce contrôle s'effectue par les ONG (ex : Amnesty international), l'Assemblée générale de l'ONU, mais surtout par le Conseil des droits de l'homme, qui est l'un des organes de l'ONU. Le Conseil est issu de la Commission des droits de l'homme créé en 1946 et à l'origine de la DUDH ; il a remplacé la commission en 2006 pour améliorer l'efficacité de cet organe, mais aussi renforcer la promotion et la protection des droits de l'homme dans le monde. Le Conseil des droits de l'homme a néanmoins été critiqué par son manque d'efficacité, notamment car les membres permanents de ce conseil commettent eux-mêmes des violations des droits de l'homme (cas de l'Indonésie), mais aussi car il ne s'agit pas d'un organe permanent. Malgré cela, la mise en place de certains mécanismes doivent renforcer son efficacité : mise en place d'un examen périodique annuel pour évaluer la situation des droits de l'homme dans les Etats membres de l'ONU et création d'un mécanisme de plainte qui permet aux individus de porter à la connaissance du Conseil les violations des droits de l'homme.