Les autorités administratives indépendantes jouent un rôle important dans la protection des libertés publiques. Non soumises au pouvoir hiérarchique et à un contrôle de tutelle, elles reposent sur des règles strictes destinées à maintenir l'impartialité de leurs membres : les membres sont nommés pour un mandat non renouvelable et son révocables).
Beaucoup d'AAI défendent, promeuvent et protègent les libertés fondamentales. C'est le cas de la CNIL, qui protège les données à caractère personnel, de la Commission d'accès aux documents administratifs ou encore du Conseil supérieur de l'audiovisuel.
La fonction de Défenseur des droits a absorbé les compétences de plusieurs autorités administratives indépendantes : Médiateur de la République, Commission nationale de déontologie de la sécurité, Défenseur des enfants et Haute Autorité de lutte contre les discriminations et pour l'égalité. Son rôle est donc primordial pour la défense des droits du citoyen français.
Le Défenseur des droits, "autorité constitutionnelle indépendante" créée par la loi constitutionnelle de 2008, a été expressément consacré par un titre de la Constitution. Il a pour but de défendre les administrés face aux manquements en matière de liberté de l'administration et des organismes investis d'une mission de service public.
Ses règles de compétences sont définies par la loi organique du 29 mars 2011. Son domaine d'intervention est celui des AAI absorbés, qui l'assistent au sein de trois collèges placés sous son autorité. Il protège donc les droits et libertés individuelles dans le cadre de l'administration, promeut l'égalité et la lutte contre les discriminations, défend les particuliers et les professionnels de santé dans leur relations avec les services publics concernés, défend les droits de l'enfant.
Le Défenseur des droits est une autorité autonome et indépendante nommée par le président de la République. Il est soumis à des règles garantissant son impartialité : incompatibilité avec les membres du gouvernement et du Parlement, impossibilité de mettre fin à ses fonction prématurément, impossibilité d'être poursuivi, recherché, arrêté, jugé ou détenu par les actes liés à l'exercice de ses attributions...
Le Défenseur des droits peut être saisi directement et gratuitement par toute personnes physique ou morale qui s'estime lésée dans ses relations avec une administration de l'Etat, d'une collectivité ou de tout organisme investi d'une mission de service public. Dans sa mission, il bénéficie d'un véritable pouvoir d'inspection et d'investigation, d'injonction et de sanction. Il peut effectuer des vérifications, saisir la juridiction compétente, être entendue par toute juridiction... Le Défenseur des droits a également une faculté d'autosaisine.
La Commission nationale de l'informatique et des libertés est une autorité administrative indépendante crée en 1978. Elle a pour mission de veiller au respect de la vie privée, et des données à caractère personnel. Elle se compose d'un collège de 17 membres.
La CNIL garantit le respect de la vie privée et familiale, du domicile et de la correspondance personnelle. Elle dispose d’un pouvoir relativement important sur les organismes contrôlés car elle peut émettre des mises en demeure, des avertissements, et des sanctions pécuniaires.
Certaines autorités administratives non indépendantes jouent un rôle dans la protection des droits et libertés fondamentales. Ainsi de l'OFPRA, de l'Agence de la biomédecine de la Commission nationale consultative des droits de l'homme, qui dispose d'un rôle de conseil auprès du gouvernement, ou encore de l'Agence européenne des droits fondamentaux créée en 2007.
