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La procédure énoncée de l’article 39 à 49 édicte que le Parlement élabore les lois, mais que le gouvernement suit toute la procédure.
Premier ministre et parlementaires sont compétents pour avoir l’initiative d’une loi. Certaines restrictions existent pourtant : les lois de finances ne peuvent venir que d’une proposition de l’Assemblée Nationale, les projets et propositions doivent se limiter à leur domaine de compétences (sinon article 41), et ne pas proposer une augmentation des dépenses, ni une diminution des recettes (article 40). Ainsi cela limite le domaine de compétence du Parlement en ce sens qu’il n’est plus apte à mettre en œuvre des réformes trop lourdes de conséquences.
Le premier ministre établit des projets de loi qui seront soumis à l’avis consultatif du Conseil d’Etat. Ceux-ci seront examinés et débattus en Conseil des Ministres et déposés par la suite devant une des Assemblées de son choix.
Le Parlement émet des propositions de loi, qu’elles viennent d’un député ou d’un sénateur. Ces propositions doivent donc respecter les conditions élaborées par l’article 40 et seront déposées elles aussi devant l’une ou l’autre des Assemblées. Le bureau de l’Assemblée concernée pourra donner ses observations par son contrôle du respect des compétences. Il les enverra ensuite à une commissions qui apportera les modifications souhaitées.
Mais ces dispositions n’ont pas les mêmes valeurs puisqu’elles ne se situent pas sur un même pied d’égalité. Les propositions bien que nombreuses ne donneront que rarement des lois promulguées. Le gouvernement dispose d’un pouvoir supérieur dans ce cadre ; il détient le pouvoir d’élaborer les lois de finance, ou encore de la Sécurité Sociale ; mais le critère le plus important réside dans le fait que le gouvernement inscrit ses projets en priorité à l’ordre du jour. Ainsi, il aménage à sa manière les ordres de passage des textes, mais détermine aussi si un texte donnera ou non lieu à un débat. Au contraire, les propositions de lois sont limitées, par les compétences restrictives du Parlement, mais aussi par la multitude de recours du gouvernement à son encontre. Même si beaucoup de propositions sont élaborées, le gouvernement décidera de les mettre ou non à l’ordre du jour. Ainsi, 90% des lois viennent de projets de loi.
Les restrictions se poursuivent dans le déroulement de la procédure. Projets et propositions se destinent ensuite à passer devant une commission. Elles peuvent être de deux types : les commissions spéciales, formées à cette occasion, qui disparaitront ensuite (mais peu utilisé dans la mesure où la procédure est complexe) ; les commissions permanentes se spécialisent dans un domaine particulier, sont au nombre de six dans chaque chambre, et constituées pour un an (pour l’Assemblée) ou trois ans (pour le Sénat). Chaque parlementaire est membre d’une seule commission, dont chacune élit le président. Contrairement aux volontés originaires de la Constitution, les textes sont majoritairement étudiés en commission permanente. Ces commissions, spéciales ou permanentes, étudient en profondeur chaque texte et émettent des amendements afin de préparer les débats en Conseil des Ministres. Mais ces amendements ne s’effectuent qu’en priorité sur les propositions ; ainsi, le débat s’ouvre, s’il parvient à l’ordre du jour, sur un texte qui a pu être modifié dans son intégralité par substitution, ou en partie, par des modifications en grande quantité. Au contraire, les projets ne peuvent faire l’objet de tant de retouches, et ne peuvent qu’être complétés par des amendements.
Le texte sera ensuite mis à l’ordre du jour, avec une priorité pour les initiatives gouvernementales. Pourtant, une séance par mois est consacrée à l’une ou l’autre des Assemblées.
La discussion débute par un débat général portant sur les grandes orientations du texte. L’opposition pourra interrompre le procédé en mettent en place l’exception de l’irrecevabilité, c'est-à-dire que le texte serai inconstitutionnel. Elle pourra émettre une question préalable, ou une motion de renvoi en commission pour demander de plus amples informations, et ainsi faire recommencer toute la procédure. Ensuite le texte est étudié dans son détail, avec ses amendements.
Le texte sera par la suite voté à main levée, ou au scrutin public, pour faire voter les absents (la Constitution l’interdit, mais le Conseil Constitutionnel le tolère). Normalement, ne peuvent voter que les parlementaires présents, mais en pratique, on vote pour les absents. Pour orienter les votes dans un sens, le gouvernement peut recourir au vote bloqué selon l’article 44, qui permet au gouvernement de demander à l’Assemblée de ne voter qu’une fois sur les textes multiples ; les parlementaires doivent voter sur tout ou partie du texte et pas sur chaque article ou amendement qui prendrait un temps énorme. Ce procédé est utilisé lorsqu’une petite majorité conteste, et que le gouvernement veut rapidement faire adopter la loi sans ces contestations. L’article 49 prévoit la motion de censure.
Le texte ainsi voté sera ensuite examiné par les deux Assemblées, tour à tour, créant ainsi ce que l’on appelle la « navette ». Selon l’article 45, le texte devra être successivement étudié par les chambres, afin de permettre d’avoir en final un même texte à adopter. Chacune peut modifier le texte, mais ce nouveau texte devra être approuvé par l’autre chambre. En cas de désaccord, la navette ne pouvant se poursuivre de manière infinie, le premier ministre peut convoquer une commission mixte parlementaire ; il peut déclarer l’urgence et après un seule lecture du texte par les deux assemblées, demander cette convocation. La CMP se compose de 7 députés et 7 sénateurs, et devra rédiger un texte de compromis qu’elle soumettra à l’approbation des deux Assemblées. Si aucun accord n’est trouvé à ce stade, l’Assemblée Nationale possède le pouvoir de statuer définitivement.